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ソフトウェア紹介

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ここでは、環境・生物で使えそうなフリーソフト・オープンソース等を紹介しています。

 1 Bioinformatics Software 

1-1 相同性検索 FastA/Ssearch
バージニア大学のダウンロードサイトへのリンクです。SsearchはFastAパッケージに含まれています。
ダウンロードとインストール(英文/バージニア大学のページ)

ダウンロードとインストールページの和訳 PDFファイル


シーケンスライブラリページの和訳 PDFファイル


バージョン概要ページの和訳 PDFファイル

(報告:FastA 35.4.12 で CentOS Xen 仮想環境で Make してテストした結果、
Ssearch が動作不安定でした。)

SSEARCHが使えるWebページ
Web SSEARCH システム BioInfo R & D へリンク

 

1-2 遺伝子系統解析 ClustalW

DDBJのClustalW Webシステムへのリンクです。

ClustalW2, ClustalX2 の Linux, MacOS, Windows版ダウンロードはこちら。

 

 2 オープンソースのワープロ・表計算など 

2-1 OpenOffice
OpenOfficeはワープロ・表計算・図形描画・数式・プレゼンテーション・データベースの機能を持つ統合ソフトウェアです。
Windows, MacOS, Linux など様々なプラットフォームでご利用できます。
(Microsoft Office との互換性もあります。)

OpenOfficeダウンロードページ

 

 3 ビジュアルプログラミング・ワークフロー 

3-1 Kepler
Kepler は、処理を視覚的にプログラミングするビジュアルプログラミング言語です。コンポーネントを→で結合して必要なパラメーターを入力することでワークフローをつくり、処理します。

The Kepler Project ,ダウンロードページ(英文)
参考ページ:

Ecoinformatics Japan の kepler 解説ページへリンク

 


4 遺伝子ネットワーク 

個々の遺伝子の働きがわかっても遺伝子の複雑な相互作用を理解しなければ生命現象を理解できません。
遺伝子ネットワークとは遺伝子やその生成物であるタンパク質の複雑な相互作用を表したものです。

4-1 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
KEGG は京都大学化学研究所で開発された生命システム情報統合データベースです。
システム情報・ゲノム情報・ケミカル情報に大別された 16 の 主要データベースから構成されています。

KEGG の概要ページへリンク

KEGG 生命システム情報統合データベースへ

メタボリックパスウェイ(全体の概要)へ
(図の●を押すと詳細情報が表示されます。)


5 画像処理・解析ソフトウェア

5-1 ImageJ (Image Processing and Analysis in Java)
ImageJ は、アメリカ国立衛生研究所 (NIH) で開発された
オープンソースでパブリックドメイン(誰でも利用できる公共物)の画像処理ソフトウェアです。電気泳動ゲル写真のバンドの濃度測定なども利用できます。(同じく、NIHで医療画像の解析用に作られた画像処理ソフトウェア
NIH Image の Java版のようなものです。)

JavaVMで動作するため Windows, MacOS, Linux などのさまざまなOS上で利用できます。

TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP などの画像ファイルフォーマットに対応しています。


NIH ImageJ ホームページ(英文)


NIH ImageJ ダウンロードページ(英文)


NIH ImageJ ダウンロードページの日本語訳(PDFファイル 約100KB)


NIH ImageJ アップグレードページの日本語訳(PDFファイル 約70KB)


NIH ImageJ Linux インストールページの日本語訳(PDFファイル 約180KB)

(Windows, Macへのインストールの日本語訳は

こちらのサイト

にありましたので、ここでは Linux だけ訳してみました。)

他サイトのImageJドキュメント日本語訳ページへのリンク


ImageJ日本語情報(livedoor wiki)


ImageJドキュメンテーション日本語訳(DropOfWisdom)

 

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